Luego de los eventos en la anterior película, Dialga vs Palkia vs Darkrai, tras el choque entre Dialga y Palkia, una masa de contaminación ha sido absorbida por el Mundo Inverso, hogar del legendario Giratina. Giratina ve en Dialga y Palkia enemigos, ya que por su culpa su hábitat está contaminado.
 
En un lago, Dialga descansa y empieza a beber agua, cuando de repente una puerta a otra dimensión se abre y Giratina, transformado en su Forma Alterna (conocida en los juegos Pokémon Diamante y Perla), intenta capturarlo para cobrar venganza. Shaymin, el Pokémon Gratitud, casualmente estaba bebiendo agua en ese lago, y por error es atrapado al Mundo Inverso junto con Dialga. 

La batalla entre los dos legendarios inicia así, con Shaymin como testigo. Pero dos hombres también observan la batalla: Mugen Graceland y Zero. Zero siempre ha intentado copiar las habilidades de Giratina, para entrar al Mundo Inverso y conquistarlo.
 
Ash, Brock, y Dawn deberán evitar que Zero lleve sus planes a cabo, y tendrán que rescatar a Shaymin, quien intenta detener la contaminación.
 

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