La historia del juego se inicia cuando tú, de una manera inexplicable, de un ser humano que eres, al despertar un día cualquiera, te das cuenta de que tienes un cuerpo de Pokémon y además de esto, estás un mundo que sólo es habitado por Pokémon. Comenzarás con un Pokémon acompañante con el cual conformarán el "Equipo de Rescate", cuyo objetivo es recorrer mazmorras para ayudar a otros Pokémon, en un mundo que está siendo azotado por misteriosos desastres naturales (todo esto es igual al mystery dungeon red).

Luego de conocer qué Pokémon representas en el juego y de elegir a tu primer compañero de equipo; podrás cumplir una serie de misiones explorando complejas mazmorras donde el objetivo principal es encontrar a algún Pokémon extraviado. Lo más interesante es que estas mazmorras se generan de manera aleatoria al momento de ingresar en ellas, lo que asegura que cada visita a las mismas será realmente única.

Adicionalmente a estas misiones, irán surgiendo otras que forman la trama principal del juego, donde deberemos recorrer las mazmorras para al final enfrentarnos con algún grupo de Pokémon, o con un Legendario. Cuando te encuentres en esta situación, deberás utilizar inteligentemente a los Pokémon del equipo a fin de aplicar una estrategia de batalla.

Entre misiones, podrás tener acceso a una ciudad donde puedes encontrar tiendas para adquirir o depositar diversos tipos de objetos; así como también podrás interactuar con otros Pokémon para obtener información útil para tus misiones. Adicionalmente podrás visitar ciertas regiones donde encontrarás a los Pokémon que eventualmente se vayan incorporando a tu equipo; para invitarlos a a participar de tus nuevas aventuras.