El Pokemon Esmeralda es bastante parecido a Pokemon Ruby y Pokemon Zafiro pero cuenta con algunos cambios, entre ellos :

- Se podrán captura a los dos pokémon legendarios de las versiones anteriores (Groudon y Kyogre).

- Tanto en Equipo magma como el Equipo Aqua estarán en la misma historia (al mismo tiempo).

- Los protagonistas (May/Aura y Brendam/Bruno) lucirán nuevos atuendos.

- Algunos entrenadores se unirán para luchar contra tí.

- Los pokémon tienen una animación al entrar en batalla.

- Se agrega una nueva zona llamada Frente Batalla, que es una zona (parque temático) que cuenta con siete campos de batalla, que son : 

La Cúpula Batalla es una especie de combate eliminatorio por rondas. Comenzarán 16 participantes hasta que lleguen a combatir los dos mejores. Cada uno podrá utilizar tres Pokémon. Entre las mejoras que presenta esta parte del juego podrás tener acceso a información del contrincante y conocer que Pokémon posee, a fin de preparar tu estrategia.

A diferencia de la Cúpula de Batalla, la Sierpe Batalla no es una zona de batalla. Dentro de esta peculiar Seviper debes elegir una serie de caminos, y en cada uno de ellos puedes curar a tus Pokémon heridos o envenenarlos, paralizarlos o adormecerlos ya que todo ocurre al azar.

En la Fábrica Batalla podrás combatir con otros entrenadores utilizando Pokémon rentados, de manera similar a Pokémon Stadium. Cuando inicias una partida en este lugar, se te entregan seis Pokémon seleccionados al azar de los cuales deberás elegir tres para conformar tu equipo de batallas.

En el Dojo Batalla, como su nombre lo indica, deberemos superar una serie de batallas para obtener la victoria. Lo mas interesante de ello es que nuestras batallas duran solo tres turnos y serán evaluadas por jueces mientras se llevan a cabo, de modo tal que si ningún Pokémon resulta vencedor ellos decidirán, de acuerdo a su actuación, quien es el ganador.

En el Palacio Batalla tendremos que superar una serie de batallas de manera similar al Battle Arena, pero la particularidad de ellas es que nosotros no seleccionamos los ataques que nuestro Pokémon utiliza en cada turno, sino que él lo hace automáticamente de acuerdo a su naturaleza y su estado.

En la Pirámide Batalla deberemos superar un laberinto junto a un solo Pokémon de nuestro equipo; hasta alcanzar la cima de la pirámide. En el trayecto deberemos luchar con numerosos entrenadores y recoger todos los ítems que encontremos, ya que no se nos permite utilizar ítems adicionales que no sean aquellos que encontremos durante nuestra travesía por la pirámide.

Por último, la Torre Batalla es similar a las clásicas torres de batalla que existen desde Pokémon Cristal.