Equipo Rocket :
El Equipo Rocket, el mas conocido, es comandado por Giovanni que tiene distintos equipos por el mundo con el fin de capturar o mejor dicho robar pokemon a otros entrenadores y luego estos venderlos a un elevado precio.
Entre los equipos solo se conocen a dos, el equipo rocket, en el que estan Jessie, James y el pokemon que nunca falto Miau. El otro equipo que aparece menos veces en la serie lo integran Butch y Cassidy, dos villanos a los que le salen bien todos sus planes, mientras que el equipo rocket lo contrario, sus planes son en vano.
Equipo Aqua y Magma :
El Equipo Aqua y el Equipo Magma son dos organizaciones rivales en los juegos de Pokémon Rubí, Zafiro y Esmeralda. Ambos son originarios de la región Hoenn e intentan conquistar el mundo. El líder de este equipo se llama Archie y se especializa en los pokemon de tipo Agua y tipo siniestros y su proposito es capturar a Kyogre y conquistar el mundo. Por otro lado, su rival el Equipo Magma es comandado por Maxie y este tiene pensado capturar a Groudon y también controlar y conquistar el mundo.
 
Equipo Galaxia :
El Equipo Galaxia es el equipo malvado de Sinnoh y es comandado por Helio, quien segun dicen rumores, tiene pensado capturar a Dialga / Palkia y luego con ellos conquistar el mundo entero.
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