Cuando el creador, Satoshi Tajiri, era joven, uno de sus pasatiempos favoritos era la recolección y colección de insectos. Tajiri se dirigió a la ciudad de Tokio a estudiar, ya que su padre quería que fuese ingeniero. Sin embargo, a Tajiri no le agradaba la idea de estudiar y se dedicaba más a pasatiempos como los videojuegos. Pasó un tiempo y Tajiri llegó a trabajar como jugador de prueba de algunos juegos para revistas, junto a Ken Sugimori, con quien hizo una gran amistad. En 1989 crearon una revista llamada Game Freak.

Con el éxito de la consola NES, los dos decidieron crear algo innovador para la consola, y Tajiri decidió hacer que Game Freak se convirtiera en una compañía. Comenzó a trabajar en un juego de rompecabezas llamado Mendel Palace (conocido en Japón como Quinty), el cual fue lanzado en 1989, obteniendo buen éxito, lo cual marcó el principio de la historia de la compañía.