Un hombre de nombre Jiraldin tiene como propósito atrapar a los 3 grandes pokémon legendarios, Articuno, Zapdos y Moltres.

Ash, misty y brock estan estan planeando descarsar (tomar una pequeñas vacaciones), viajan en un barco, de repente el clima se torna y empieza una tormenta, lo que provoca que el barco encalle en una de las islas cercanas, después del suceso Ash fue elegido como el rey del festival que se llevaba a cabo en la isla, y el reto era consegir las tres esferas de las tres islas que se encontraban ahí.

Jiraldin empieza su cacería con Moltres, despues con Articuno y finalmente con Zapdos. Esto provoca que el "Rey del mar" Lugia enfurezca y provoque cambios climaticos, lo que provocara la destrucción del mundo.

Ash y sus amigos tiene ahora la responsabilidad, tanto de juntar las tres esferas de cristal magicas y salvar a los tres legendarios de las manos de Jiraldin.