El Pokemon Pinball R/Z es idéntico al de Gameboy Color pero con los gráficos mejorados. Puedes elegir entre las mesas Ruby y Zafiro. También existen pantallas de Bonus durante la partida. Las pantallas de Bonus son accesibles durante distintos momentos de la partida y su aparición dependerá de tu puntuación y del número de Pokémon capturados en tu actual partida.