Pokémon Trozei/Link incluye un "modo historia", en el cual el jugador representa a la agente Lucy Fleetfoot, el personaje principal del juego. Ella forma parte de la Liga de Operaciones Secretas cuyo objetivo es rescatar Pokémon que han sido robados por el Batallón Phobos, los villanos del juego.

El jugador deberá utilizar la pantalla táctil del DS, mediante el lapiz stylus. Con este elemento deberá alinear cuatro piezas Pokémon identicas (de manera horizontal o vertical) a fin de formar un "Trozei", que desaparecerá de la pantalla disminuyendo así el número de piezas de juego disponibles en pantalla. Cada Pokémon del cual se pudo armar un Trozei, se añade a una lista especial llamada "Trozei List". En cada nivel se establece la cantidad de Trozeis que debe obtener el jugador para culminar exitosamente el mismo.

Trozei incluye cuatro modos de juego, que mencionamos a continuación:

- Modo Aventura/Historia: El cual ya comentamos en la sección Argumento.

- Modo Sin Fin: Aquí el jugador deberá batir su propio récord en un modo de juego en el cual la partida culmina cuando se es derrotado.

- Modo Batalla: Aquí puedes jugar compitiendo contra un amigo mediante la conexión inalámbrica del Nintendo DS.

- Modo Par: Aquí jugarán en modo cooperativo con un amigo a fin de superar la puntuación más elevada.